Gülen hakkında askeri yargıda yürütülecek olası soruşturma şöyle gelişmişti: Geçen mart ayında, Kayseri 2. Hava İkmal Bakım Merkezi ve Garnizon Komutanı Tümgeneral Rıdvan Ulugüler adına hazırlanmış sahte emirler komutanlığın elektronik sistemine sokulmuştu. Sahte emirlerle, komutanlığın Doküman Yayın Sistemi'ne (DYS) de girilmişti.

Askeri savcılık yürüttüğü soruşturmanın ardından Kayseri Hava İkmal Komutanlığı'nda görevli astsubaylar Ali Balta, Orhan Güleç ve İsmail Dağ gözaltına alınmıştı. Balta ve Güleç tutuklanırken, astsubayların "Işık Evleri" mensubu oldukları ve lise çağlarında tarikatla ilişkiye geçtikleri anlaşılmıştı. Tutuklanan astsubay Balta, Işık Evlerinde kalmaya başlaması ve sonrasında askeri birliğine teslim olunca yaşadıklarını sorgusunda şöyle anlatmıştı:

"Denizli'de lisedeyken 1 yıl kadar Işık Evlerine gitmiştim. Astsubay Meslek Yüksekokulu'na geldiğimizde kendi düşüncelerime yakın öğrencilerle arkadaşlık etmeye başladım. Okuldan mezun olurken şu anda ismini vermek istemediğim ve öğrenciliğim sırasında tanıdığım Işık Evlerinden bir ağabeyimiz bana Kayseri'ye gittiğimde orada Işık Evlerinden kişilerin bize ulaşacağını söyledi. Ben 15 Eylül 2006 tarihinde birliğime katıldım. Birkaç gün sonra Tarık isimli şahıs bana bir iki dakika beklememi söyledi. Şu andaki ev arkadaşlarım olan İ.D. ve O. G. astsubayları da alarak yanıma geldi. Bize kendisinin İzmir'den arkadaşları tarafından arandığını, bizlerin telefon numaralarının ve isimlerimizin verildiğini, burada bize kendisinin ağabeylik yapacağını, sorunlarımızı ona anlatmamızı, bizim ile bundan sonra kendilerinin ilgileneceğini söyledi."

Hava Kuvvetleri Askeri Savcılığı'nca yürütülen ışık evleri soruşturması halen sürüyor. Soruşturmanın ilerleyen aşamalarında olayın Gülen'e kadar uzanabileceği de olasılıklar arasında yer alıyor. Yasa yürürlüğe girerse, Işık Evleri soruşturmasında Fethullah Gülen ismine somut olarak ulaşılsa bile hakkında askeri savcılık hiçbir işlem yapamayacak. Bu yolla Gülen'in olası askeri soruşturma ve yargılamadan kurtarıldığı değerlendirmesi yapılıyor.

Düzenlemeyle yalnızca Gülen değil, askeri kişilerle birlikte anayasal düzene karşı suçlardan yolsuzluğa kadar pek çok suça karışan sivillerin de askeri yargıda hâkim karşısına çıkamayacağına dikkat çekiliyor.