Bu durumun Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın yargı, hukuk konularındaki dikkatsizliğini, temel zihniyet yanlışlığını ortaya koyan bir ifade olduğunu savunan Baykal, şöyle konuştu:
"Başbakan bu konuda hükmünü daha dava açılmadan vermiştir. Danıştay cinayeti öncesi ve sonrasında bu konudaki düşüncesini hep ifade etmiştir. Şimdi yargının savcılarıyla, mahkemeleriyle bu kararı teyit etmesini bekliyor. Bunun için her türlü gayreti gösteriyor. Yargıyla oynamak iyi değil. Hükümetler yargıyı mıncıklamaktan vazgeçmeli. İktidar yargıdan elini çekmelidir. Yargıyı çekiştirerek ne yargıya hizmet etmek mümkündür ne de bu hükümetin kendisine bir yarar sağlar."

Baykal, iktidarın Türk Silahlı Kuvvetleri'nden de elini çekmesi gerektiğini belirterek "Türk Silahlı Kuvvetlerini çekiştirmek, uğraşmak, orasını burasını farklı yönlere çekiştirmeye çalışmak doğru ve yararlı değildir. Türkiye bu iktidar nedeniyle böyle sorunlar yaşıyor. Medyayı, adaleti karıştırıyor. Bunlardan büyük üzüntü duyuyoruz" dedi.

"12 Eylül darbecilerinin yargılanması"

Bir gazetecinin ''12 Eylül darbecilerinin yargılanmasıyla ilgili düşüncesini" sorması üzerine Baykal, şunları söyledi:
"Her iki partinin de grup başkanvekilleri görüşme yaptı. Herhangi bir cevap gelmedi. AKP'nin bu konuda düşüncesini bekliyoruz. AKP harekete geçmeye karar verirse CHP bu düzenleme için elinden geleni yapacaktır. Parlamentoda gece yarısı darbesiyle ülkenin çok önemli konularının oldu bittiyle nasıl halledilmek istendiğini herkes gördü. Meclis Başkanı bundan haberi olmadığını söylüyor. Gruplar arasındaki temaslarda gerçekler söylenmiyor. Deniz Feneri davasında nitelikli dolandırıcılık yapılmıştır. Alman mahkemesi bunu söylemiştir. Şimdi TBMM'de nitelikli yalancılığa şahit olduk.

Gerçek saptırılarak birtakım tertipler yapılıyor. Onun için diyoruz ki 'Yargıyı ve Türk Silahlı Kuvvetlerini mıncıklamayın.' Herkesin görevi Türkiye'nin kurumlarıyla sağlıklı ilişki içinde olmaktır. Siyaseti Türk Silahlı Kuvvetlerine ve yargıya taşımak yanlıştır. Bu konularda kim ne yapıyor, herkes görüyor. Yargıya saygı esas olmalıdır. Herkesin yargılanmasını isteyen Başbakan neden kendisinin yargılanmasını istemiyor. Önce samimiyete ihtiyaç var. Ondan bundan hesap sormadan önce kendi hesap vermelidir."

Genel Başkan Baykal, Taraf Gazetesi'nde yayımlanan belgeyle ilgili soruya ise "Ortada bir iddia var. İddia geçerli değilse ortada komplo var. Komplonun aydınlığa kavuşturulması lazım. Peki bunu kim aydınlatacak? Komployu yapanlar, sahiplenenler komployu aydınlatabilir mi? Bu da Türkiye'nin açmazı" yanıtını verdi.